Očistené zemiaky uvaríme do polomäkka, necháme vychladnúť a pokrájame na 1 cm kolieska alebo aj hrubšie hranolky. Baklažán nakrájame na 1 cm kolieska alebo plátky, nasolíme a necháme odstáť. Po odstátí (20-30 minút) umyjeme. Mäso osolíme, okoreníme, pridáme roztlačený strúčik cesnaku, lyžicu olivového oleja a premiešame. Rajčinové pyré dochutíme soľou, čiernym korením a drveným oreganom. Do vymastenej zapekacej misy striedavo ukladáme zemiaky, baklažán, mäso a prelejeme rajčinovou pastou. Takto urobíme 2-3 vrstvy. Na záver celé zalejeme bešamelovou omáčkou a dáme zapecť do vyhriatej rúry (220-250), zhruba 30-40 minút. Pred dokončením posypeme strúhaným syrom.
Musaka je typické zimné jedlo. Je veľmi sýte a tak ako všade aj grécke gazdinky majú rôzne spôsoby prípravy.
Dôležitý je výber potravín a dochutenie.